St. Antonius Apotheek is een openbare apotheek binnen de muren van het ziekenhuis. Dit heet ook wel 'poliklinische' of 'transmurale' apotheek. Een poliklinische apotheek fungeert als schakelpunt tussen het ziekenhuis en de zorg buiten het ziekenhuis (apotheken en huisartsen). De apotheek heeft de regie in de medicatieoverdacht tussen het ziekenhuis en de buitenwereld en andersom. De St. Antonius Apotheek heeft drie vestigingen:

• St. Antonius Ziekenhuis Nieuwegein
• St. Antonius Ziekenhuis Utrecht
• St Antonius Apotheek Woerden  .